Olá jovem, então, vou resolver sua dúvida a respeito disso, também tenho mine original e entendi muito bem a sua dúvida, então vamos lá:
Primeiro devemos destacar, que existem vários tipos de formatos de skin, mais conhecidos como formato 1.5 e formato 1.8, na qual eu recomendo os formatos 1.5, pois não fica bugado em nenhuma das versões.
O que está acontecendo no seu caso, é que você está usando uma versão de skin 1.8 (que é uma skin maior e algumas vezes com mais detalhes), pois na 1.8 é possível personalizar a skin ingame e fazer camadas em todas as partes do corpo da skin, já na 1.5 só existe sobrecamadas na cabeça da skin.
Você pode pegar essa sua skin que está "bugada" e abrir ela no site "nova skin", indo na opção "old version" ou "antiga versão", depois é só abrir o arquivo da skin e ela fará o recorte automaticamente e sua skin por vez, não ficará bugada.
Bom, espero que tenha resolvido seu problema e sua dúvida, qualquer coisa me mande uma MP no fórum, eu não coloquei links aqui pois não sei se pode colocar, mas espero que tenha ajudado.
xD