Prezado, isso ocorreu devido a distância de suas gaiolas serem muito pequenas, é recomendável que você deixe um espaço de 3 blocos no mínimo entre as gaiolas para que não haja esse bug do mob nascer em cima da gaiola. Agora em relação a como solucionar, você devera retirar a gaiola que não obedece o espaço mínimo ou fazer um novo mobspawner em outro local.
Caso resolvido, tópico fechado e tag [Resolvido] Adicionada ao titulo.
